大多数时候，赤水河的水是清亮的。
但每当雨季到来，河谷两岸的红土与砂岩，会把河水染成一股浑浊的红色。
在十年前受流域人口增加、污水直排、煤矿小水电过度开发等影响，
赤水河的出水水质曾跌至劣Ⅴ类水，在长久的立法保护与流域治理下，
现在的赤水河两岸水绿山青，总体水质达到国家Ⅱ类标准。
赤水河是当之无愧的中国美酒河，在这条500多公里的长河上，
而作为长江上游，唯一没有兴建水电站的一级支流，
赤水河还是漂流爱好者的天堂。
赤水河水污染严重，但并不是直接取赤水河水酿酒。一般来说，酒厂会进行水处理，通过物理、化学或生物等方法去除水中的杂质和污染物，使其达到酿造酒的要求，确保产品的质量和卫生安全。此外，部分酒厂也会选择采用地下水或山泉水来酿酒。因此，赤水河水虽然状况堪忧，但不影响酒厂的正常运营。
赤水河纯天然没有污染，水质不但清澈透底入口微甜，而且酸碱适度软硬居中，非常符合优质酿酒用水的标准。
更特别的是，赤水河沿岸地层大部分是由沉积岩组成，具体表现为紫红色的砾土岩，这类岩层拥有良好的渗水性，地面水和地下水在下渗的过程中，可以溶解岩层内多种矿物质以及微量元素，再经过层层渗透过滤，可以去除大部分无用杂质，