高达Seed Freedom的剧情发生在宇宙纪元（C.E.）时代，这是一个由调整者和自然人共同生活的世界。调整者是通过遗传基因调整出生的人类，他们拥有优秀的身体能力和头脑，而自然人是自然出生的人类。由于双方存在意义的不同，调整者与自然人之间开始发生冲突，并最终演变为战争。

在这个背景下，故事的主人公西布克·大和和他的伙伴们为了守护自由和希望，加入了反抗军ZFAT，与调整者统治的PLANT进行战斗。在战斗中，他们不仅面对强大的敌人，还要面对内心的挣扎和困惑。

整个剧情紧凑而富有张力，通过描绘角色们之间的友情、信念和牺牲，展现了战争对人性的摧残和对自由的追求。故事最终揭示了“命运计划”的真相，并呼吁人们珍惜自由和希望，共同创造一个更美好的未来。