根据如皋市政府发布的政策，农村自建房申请流程需要符合相关规定，包括土地使用、建设标准、环保要求等。

首先，申请者需要向当地乡镇政府提出申请，并提交相关材料，如土地证、建房规划图等。

接下来，需等待政府部门审核，包括土地利用、建设方案等方面。

审核通过后，申请者可向相关部门办理建设手续，包括土地使用证、建设许可证等。

最后，按规定施工建造，并及时办理竣工验收手续，方可取得自建房的相关权益。