在法律上，没有房产证的商铺签署协议的有效性会受到一些限制和风险。以下是一般情况下的法律解释，具体要根据当地法律法规和合同法规定来判断，建议咨询当地法律专业人士以获取准确的法律意见：

1. 房产证的重要性：房产证是证明产权人对一处房产（包括商铺）拥有所有权的法律凭证。没有房产证意味着没有直接的法定产权证明，因此可能影响协议的法律效力。

2. 合同的有效性：签署商铺协议是一种约定，它可以在双方达成共识的情况下产生法律效力。然而，如果合同涉及的房产（商铺）没有合法的所有权证明，合同的法律效力可能会受到争议。

3. 第三方权益：没有房产证的商铺协议可能会影响第三方的权益，例如其他潜在买家、债权人等。在没有合法产权证明的情况下，其他人可能对商铺主张权益，并可能对合同的有效性提出异议。

因此，为了确保商铺协议的有效性和合法性，建议在签署协议之前，确保商铺的产权情况合法并且有确凿的证明。最好咨询当地的法律专业人士，以获取具体情况下的法律建议和指导。