在股东职务侵占是否扣除自己的份额，需要根据具体情况而定。
股东职务侵占数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役；数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。股东不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益，应当依法承担赔偿责任。如果构成犯罪的可追究刑事责任。
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股东可以是自然人。股东可以是公司法人、自然人，但是法人股东与自然人股东不可以是同一个人，并且在公司设立之后，一般总公司就会是该公司的股东。不同身份的股东享有的权利是不同的，对于法人股东而言，只是可以增加公司的收入而已。自然人股东的意思是，具有公民身份的个人投资者，进行公司的投资以后通过公司所在地的工商局注册，进行公司股权登记后成为的股东。
法律依据
第五条 【公司义务及权益保护】公司从事经营活动，必须遵守法律、行政法规，遵守社会公德、商业道德，诚实守信，接受政府和社会公众的监督，承担社会责任。
依据我国相关法律的规定，股东利用职务上的便利侵占公司财物构成职务侵占罪的，要依据犯罪情节判刑，数额巨大的，处五年以上有期徒刑。
《中华人民共和国刑法》
第二百七十一条 【职务侵占罪】公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，数额较大的，处五年以下有期徒刑或者拘役;数额巨大的，处五年以上有期徒刑，可以并处没收财产。
国有公司、企业或者其他国有单位中从事公务的人员和国有公司、企业或者其他国有单位委派到非国有公司、企业以及其他单位从事公务的人员有前款行为的，依照本法第三百八十二条、第三百八十三条的规定定罪处罚。