扬州小区违规开窗户的管理责任应由物业管理公司负责。根据《中华人民共和国物业管理条例》，物业管理公司有责任对小区内的安全和秩序进行管理，包括对业主和租户的行为进行监督和管理。

违规开窗户可能会引发安全隐患和影响小区的整体环境，因此物业管理公司应当对此进行严格管理和监督，必要时进行警告和处罚。同时，业主和租户也有责任遵守小区的规定，共同维护小区的安全和秩序。

因此，违规开窗户的管理责任应由物业管理公司与业主和租户共同承担。