区别就是级别不同。四级主任医师被主管人事部门聘任，有主治医师聘书。主任医师只取得了主任医师资格证书，没被主管人事部门聘任。没有聘书。
主任医师对应的技术职称为4－1级，四级主任医师为主任医师中最低的，与三级主任医师差别不大，就是工资有区别，三级主任医师工资要比四级高。其实只有一级主任与其他的差别大，因为一级主任医师是院士，享受正省级待遇，有国家免费配住房 配车等待遇。
四级主任科员晋升三级主任科员， 工资每月加200元左右。因为三级主任科员仍然是副科，三级主任科员和四级主任科员之间的级差很小，也就是200元左右。
建立公务员职务与职级并行制度，是完善公务员制度的重要内容，是干部制度的一项改革，将解决县以下公务员的职业生涯发展通道问题，改变千军万马挤独木桥去争当“长”的局面。