如果员工未经批准擅自离职，处理方式如下：
1. 了解情况：了解员工的擅自离职原因、是否提前通知、是否有违反公司规定等情况。
2. 协商解决：与员工进行协商，明确双方权利和义务，尽力达成双方满意的结果。
3. 财务核算：核算员工跟公司之_
如果员工在未获得批准的情况下擅自离职的话，那么因为其并没有办理过离职手续，所以这个时候是会被作为旷工处理，并可以扣除相应的工资的。
未经批准擅自离职，给企业造成直接损失或重大影响的，可以向当地劳动仲裁机构申请仲裁，维护企业的合法权益，未造成损失的，企业在联系当事人未果后可以公告除名，解除劳动合同。