《终极证据》中吕琴是被周新宇杀害的。周新宇一直对吕琴怀有强烈的恨意，因为他认为是吕琴毁了他的前途和家庭。在剧情发展中，周新宇通过一系列精心策划的阴谋，最终将吕琴置于死地。

这个情节展示了人性的复杂和残酷，也提醒人们在生活中要警惕那些心怀恶意的人。同时，这个故事也强调了法律的重要性，即使受害者已经离世，真相仍然会被揭开，罪犯也会受到应有的惩罚。

以上内容仅供参考，如需更详细的信息，建议观看原剧或查阅相关剧评。