其来历与唐肃宗年间的一次大旱有关。当时，由于连年干旱，民众生活困苦，肃帝妃，即天妃圣母，为了拯救受苦的百姓，遍游华夏，帮助灾民。她在此地落驾并成仙，肃帝为了感谢天妃的恩德，下令在此地建造天妃庙，自此香火不断。

此外，还有一个传说，公元875年，南昌府丰城县的幼女萧氏在过鄱阳湖时不幸溺水身亡。她被认为是有德于天和人的神灵，能够溯江千里至杨林山成为神祇。萧氏在杨林山显灵，帮助船工和商人，因此被当地人奉为神，并在山上建造庙宇祭祀她。明成化二年，一位皇后生病，百药无效，最终是一位杨林山的女僧揭榜医治好了皇后，因此皇后被封为“天妃圣母萧后元君”，永镇此地。自那时起，天妃庙一直香火鼎盛，吸引了众多信徒和游客前来祈福。