哺乳纲

灵长目：蜂猴、倭蜂猴、台湾猴、豚尾猴、喜马拉雅山长尾叶猴、印支灰叶猴、黑叶猴、菲氏叶猴、戴帽乌叶猴、白头叶猴、肖氏乌叶猴、滇金丝猴、黔金丝猴、川金丝猴、怒江金丝猴、西部白眉长臂猿、东部白眉长臂猿、天行长臂猿、白掌长臂猿、西黑冠长臂猿、东黑冠长臂猿、海南长臂猿、北白颊长臂猿

鳞甲目：印度穿山甲、马来亚穿山甲、穿山甲

食肉目：豺、马来熊、大熊猫、紫貂、貂熊、大斑灵猫、大灵猫、小灵猫、熊狸、小齿狸、长颌带狸、荒漠猫、丛林猫、金猫、云豹、花豹、虎、雪豹、普通海豹

长鼻目：亚洲象

奇蹄目：普氏野马、蒙古野驴、藏野驴

偶蹄目：野骆驼、威氏鼷鹿、安徽麝、林麝、马麝、黑麝、喜马拉雅麝、原麝、黑麂、豚鹿、梅花鹿、西藏马鹿（包括白臀鹿）、塔里木马鹿、坡鹿、白唇鹿、麋鹿、驼鹿、印度野牛、爪哇野牛、野牦牛、蒙原羚、普氏原羚、藏羚、高鼻羚羊、秦岭羚牛、四川羚牛、不丹羚牛、贡山羚牛、赤斑羚、喜马拉雅斑羚、塔尔羊、西藏盘羊、台湾鬣羚、喜马拉雅鬣羚

啮齿目：河狸

海牛目：儒艮

鲸目：北太平洋露脊鲸、灰鲸、蓝鲸、小鳁鲸、塞鲸、布氏鲸、大村鲸、长须鲸、座头鲸、白鱀豚、恒河豚、中华白海豚、长江江豚、抹香鲸

鸟纲

鸡形目：四川山鹧鸪、海南山鹧鸪、斑尾榛鸡、黑嘴松鸡、黑琴鸡、红喉雉鹑、黄喉雉鹑、黑头角雉、红胸角雉、灰腹角雉、黄腹角雉、棕尾虹雉、白尾梢虹雉、绿尾虹雉、蓝鹇、褐马鸡、白颈长尾雉、黑颈长尾雉、黑长尾雉、白冠长尾雉、灰孔雀雉、海南孔雀雉、绿孔雀

雁形目：青头潜鸭、中华秋沙鸭、白头硬尾鸭

鸽形目：小鹃鸠

鸨形目：大鸨、波斑鸨、小鸨

鹤形目：白鹤、白枕鹤、赤颈鹤、丹顶鹤、白头鹤、黑颈鹤

鸻形目：小青脚鹬、勺嘴鹬、黑嘴鸥、遗鸥、中华凤头燕鸥、河燕鸥

鹱形目：黑脚信天翁、短尾信天翁

鹳形目：彩鹳、黑鹳、白鹳、东方白鹳

鲣鸟目：白腹军舰鸟

鹈形目：黑头白鹮、白肩黑鹮、朱鹮、彩鹮、黑脸琵鹭、海南鳽、白腹鹭、黄嘴白鹭、白鹈鹕、斑嘴鹈鹕、卷羽鹈鹕

鹰形目：胡兀鹫、白背兀鹫、黑兀鹫、秃鹫、乌雕、草原雕、白肩雕、金雕、白腹海雕、玉带海雕、白尾海雕、虎头海雕

鸮形目：毛腿雕鸮、四川林鸮

犀鸟目：白喉犀鸟、冠斑犀鸟、双角犀鸟、棕颈犀鸟、花冠皱盔犀鸟

隼形目：猎隼、矛隼

雀形目：黑头噪鸦、灰冠鸦雀、金额雀鹛、黑额山噪鹛、白点噪鹛、靛冠噪鹛、黑冠薮鹛、灰胸薮鹛、棕头歌鸲、栗斑腹鹀、黄胸鹀

爬行纲

龟鳖目：缅甸陆龟、凹甲陆龟、四爪陆龟、红海龟、绿海龟、玳瑁、太平洋丽龟、棱皮龟、鼋、斑鳖

有鳞目：大耳沙蜥、鳄蜥、孟加拉巨蜥、圆鼻巨蜥、西藏温泉蛇、香格里拉温泉蛇、四川温泉蛇、莽山原矛头蝮

鳄目：扬子鳄

两栖纲

有尾目：安吉小鲵、中国小鲵、挂榜山小鲵、猫儿山小鲵、普雄原鲵、辽宁爪鲵、镇海棘螈

硬骨鱼纲

鲟形目：中华鲟、长江鲟、达氏鳇、白鲟

鲱形目：鲥

鲤形目：北方铜鱼、扁吻鱼